والذي يقع بجوار مكب الفخاري الجديد وهو عبارة عن مبنى من ثلاث طوابق تحتوي على مكاتب للموظفين وقاعة للإجتماعات.

والذي يقع في مدينة دير البلح داخل كـراج بلدية دير البلح ويحتوي على مكاتب للموظفين، بالإضافة إلى مخزن وورشة عمل لصيانة آليات المجلس.

والذي يقع في مدينة خان يونس داخل كـراج بلدية خان يونس ويحتوي على مكاتب للموظفين، بالإضافة إلى مخزن وورشة عمل لصيانة آليات المجلس

والذي يشرف المجلس على تشغيله وإدارته، وقد تم افتتاحه في عام 1996 بدعم من وكالة التعاون الألماني، وتبلغ مساحته 70 دونم ويصل ارتفاع المكب إلى 30 متر، ويقدر حجم النفايات التي تصل إلى المكب يوميا 500 طن، وهذا ويجدر الإشارة إلى أن المكب قد تجاوز العمر الزمني المفترض له، ولكنه ما زال يعمل فوق طاقته الاستيعابية.

والذي سيشرف المجلس على تشغيله وإدارته وفق خطط تشغيلية مناسبة على الصعيدين البيئي والإجتماعي، تم تصميم المكب وفق معايير دولية للتخلص من نفايات محافظات خان يونس، رفـح والوسطى، على الحدود الشرقية لمنطقة الفخاري، على مساحة اجمالية تقدر ب 235 دونم، وسيستوعب نفايات المحافظات الوسطى والجنوبية حتى عام 2025م.

تم افتتاح وحدة معالجة النفايات الطبية الأولى من نوعها في قطاع غزة في أغسطس 2018، في محطة ترحيل خان يونس التابعة للمجلس، بتمويل من الوكالة اليابانية للتعاون الدولي. حيث تقوم شهرياً بمعالجة ما يقارب من 7 طن من النفايات الخطرة والحادة والذي يقوم المجلس بجمعها من 27 مركز صحي تابع لوزارة الصحة، 13 عيادة تابعة للأونروا، 5 عيادات تابعة لأطباء بلا حدود فرنسا وقسمي غسيل الكلى والمختبر المركزي في مجمع الشفاء الطبي.

محطة ترحيل رفح هي أحد المشاريع الاستراتيجية على مستوى محافظة رفح، والتي تم تنفيذها من قبل صندوق تطوير وإقراض الهيئات المحلية (MDLF)وبتمويل من الوكالة الفرنسية للتنمية (AFD) والاتحاد الاوروبي، بقيمة 1.4 مليون يورو، لصالح كل من المجلس وبلدية رفح، حيث ستساهم في حل مشكلة نقل وترحيل النفايات الصلبة من الأحياء الغربية البعيدة لمكب نفايات الفخاري وستستقبل المحطة (60) طناً من النفايات يومياً، مما يؤدي لتقليل التكاليف التي كانت تقع على عاتق بلدية رفح، بالإضافة للحفاظ على نظافة البيئة المحيطة بسكان الأحياء المستفيدة من المشروع.